學校實施健康檢查，輪到我走進保健室時，我驚訝的嚇了一大跳！坐在保健室裡的竟然不是原來的校醫，而是一臉嚴肅、脖子上掛著聽診器，全世界獨一無二的妖怪內科名醫鬼燈京十郎醫生！
　　鬼燈醫生正在尋找潛入學校的食影蟲。食影蟲的幼蟲靠著吃人類的影子長大，成蟲會附身在人體，被附身的人類只要學到新的知識就會被食影蟲吃掉，所以不管再怎麼努力念書都沒用。這種妖怪的成長速度很快，再不找到他，人類世界將會發生大災難！
　　為了拯救世界，我又再次被迫成為鬼燈醫生的助手，協助找躲在人類影子裡的幼蟲，準備利用「踩影子」的方法消滅他們。