從前從前，流傳著一個神祕的傳說，據說只要能看到在鐵道上奔馳的「心願特快車」，並在它消失前許下心願，那麼願望就能得以實現！
　　哲也和昱翰剛升上五年級，他們除了是感情融洽的同班同學，彼此心中也都藏著一個小小的夢想——哲也希望因車禍陷入昏迷的媽媽能早日康復，昱翰則期盼能與長期出海跑船的爸爸重新相聚。
　　某一日，守在鐵道旁的哲也與昱翰終於盼來了這輛神祕列車，卻陰錯陽差地錯過了許願的時機，幸賴有好同學婷香和彥臻的提點，他們決定沿著鐵軌走到火車站，去追回那輛列車，並許下心願。
　　隨著日子一天天過去，昱翰與其他好同學們各自許下的心願一一實現，唯有到台北醫院去探病的哲也遲遲未歸，不只同學們擔憂不已，就連他們的班導虹樺老師也替他著急。
　　究竟，哲也媽媽能不能康復出院，哲也用心許下的願望又能否實現呢？