驕縱壞脾氣的小女孩瑪麗，在父母雙亡後住進了姑丈家，和同樣落單的知更鳥成為了朋友。在知更鳥的帶領下，瑪麗意外找到了秘密花園的鑰匙，孤單的生活因此變得有趣！

同時，瑪麗發現姑丈有一個兒子---柯林。柯林的處境和以前的瑪麗很相似：他們從小失去了雙親的關懷、常常臥病在床。柯林在這樣的環境下感到非常孤單，因此產生了扭曲的人格，就像當初的瑪麗一樣。

瑪麗和朋友們的關懷改變了柯林，帶領柯林走出灰暗，柯林的身體也日漸強壯起來。在秘密花園中還發生了許多感人的故事...