在一片漆黑的深海中，與張牙舞爪的怪物們展開決鬥！雷博士的學弟孔博士是一位海洋學者，發明了可以潛入深海的潛水艇菊石號，邀請智悟跟皮皮一起到深海底進行探險！
　　一心想捕捉深海魚來煮海鮮大餐的皮皮，捲入了抹香鯨和大王烏賊的激烈對戰，這次智悟該如何拯救陷入危機的菊石號呢？