神奇樹屋又出現了，但摩根卻不在裡面！這次傑克和安妮身負重任，為了破除咒語、解救摩根，神奇樹屋帶著兩兄妹來到古代的日本。
　　隱居在洞穴裡的忍者大師，教他們學習忍者的方法，眼看著日本武士就要追上了……，這兩個小小忍者能躲開武士的追蹤，順利達成任務嗎？